好氧發酵生產的有機肥更好，因為這種方式是在無害的條件下，通過微生物對有機物質降解成有機肥原料的，能消滅部分病原菌和雜草種子，提高肥料的營養價值，好氧發酵全過程是無臭的，反而有淡淡的泥土味。

      而厭氧發酵一般會產生對作物不利的物質，例如會產生甲烷、乳酸等有機酸，而甲烷等屬于溫室氣體，會污染空氣，這些有機酸物質會弱化作物的根，因此厭氧發酵產生的有機肥的營養價值相對較低，而且厭氧發酵裝置投資較大，通常容易發出臭味。

      綜上所述，與厭氧相比，好氧發酵全過程是無害的，而且有機肥原料的營養價值高，還能實現除臭殺菌的目標。